FigureYa integration · Issue #436 · openbiox/Bizard

FigureYa 图文档整合待办清单（逐篇标记整合方式）

对 FigureYa 仓库全部 318 个图文档（文件夹）逐一梳理，标记后续整合进 Bizard 的方式。清单按整合方式分四节：

🔁 补充进现有 qmd：作为对应 qmd 的优化参考（更贴近生信场景的案例/参数技巧），择优吸收进现有教程，一般不单独成文
✨ 新增独立 qmd：Bizard 目前没有对应图型/专题，需新增教程文档（括号内为建议的目录/文件名，可调整）
⏸️ 暂缓：非绘图类（数据处理、差异分析、建模流程），不适合图库教程，待后续专题再议
❓ 需调研：主题/内容待确认后归类

统计：补充进现有 qmd 123 篇 · 新增独立 qmd 152 篇 · 暂缓 29 篇 · 需调研 14 篇 · 共 318 篇；另含 Python 版 FigureYapy 9 篇见第五节（补充进现有 qmd 3 · 新增独立 qmd 1 · 暂缓 4 · 共 9 篇）

🔁 一、补充进现有 qmd（优化参考）

✨ 二、新增独立 qmd

⏸️ 三、暂缓（非绘图类）

❓ 四、需调研

五、FigureYapy（Python 版，9 篇）

Python 版 FigureYapy 与 R 版编号零重叠，逐篇标记如下：

🔁 补充进现有 qmd
✨ 新增独立 qmd（括号内为建议的目录/文件名）
⏸️ 暂缓（分析流程类，非绘图）
FigureYa111markerGene（scanpy marker 基因可视化）→ 补充进 Python/ScrnaDotPlot.qmd
FigureYa196Plus_PanPie_py（泛癌饼图 Python 版）→ 补充进 Python/PieDonutPlot.qmd
FigureYa25Plus_Sankey_py（桑基图 Python 版）→ 补充进 Python/SankeyDiagram.qmd
FigureYa107ChIPheatmap（deepTools ChIP/ATAC 聚合热图）→ 新增 Python/ChIPHeatmapPlot.qmd
FigureYa108RNAseqChIP（按表达聚类排序的启动子 ChIP 信号热图，与 107 同族归并）→ 新增 Python/ChIPHeatmapPlot.qmd
FigureYa104GEOmining（GEO 数据挖掘流程）→ 暂缓
FigureYa130coxSVM（Cox+SVM 分步建模流程）→ 暂缓
FigureYa226scRNA_cNMF（单细胞 cNMF 分析流程）→ 暂缓
FigureYa309cell2location（cell2location 空转反卷积流程）→ 暂缓

维护说明：完成后请勾选对应项，并在项末尾追加对应的 Bizard PR 链接（如 → 补充进 ... (#PR号)）。同一目标 qmd 有多篇参考的，可合并到同一个 PR 处理。需调研 篇目调研后请更新其分类并移入对应小节。

ShixiangWang
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on Nov 3, 2026
ShixiangWang commented on Nov 4, 2026
ShixiangWang
on Nov 4, 2026
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FigureYa 图文档整合待办清单（逐篇标记整合方式）

对 FigureYa 仓库全部 318 个图文档（文件夹）逐一梳理，标记后续整合进 Bizard 的方式。清单按整合方式分四节：

🔁 补充进现有 qmd：作为对应 qmd 的优化参考（更贴近生信场景的案例/参数技巧），择优吸收进现有教程，一般不单独成文

✨ 新增独立 qmd：Bizard 目前没有对应图型/专题，需新增教程文档（括号内为建议的目录/文件名，可调整）

⏸️ 暂缓：非绘图类（数据处理、差异分析、建模流程），不适合图库教程，待后续专题再议

❓ 需调研：主题/内容待确认后归类

统计：补充进现有 qmd 123 篇 · 新增独立 qmd 152 篇 · 暂缓 29 篇 · 需调研 14 篇 · 共 318 篇；另含 Python 版 FigureYapy 9 篇见第五节（补充进现有 qmd 3 · 新增独立 qmd 1 · 暂缓 4 · 共 9 篇）

🔁 一、补充进现有 qmd（优化参考）

FigureYa101PCA（PCA 与批次校正）→ 补充进 Correlation/PCAplot.qmd → PR #439

FigureYa102multipanelROC（多面板 ROC）→ 补充进 Clinics/ROCPlot.qmd → PR #439

FigureYa109SubtypeGSEA_update（亚型 GSEA）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd → PR #439

FigureYa10chromosomeV2_update（染色体示意图）→ 补充进 Omics/ChromosomePlot.qmd → PR #439

FigureYa112Plus_venn（Venn 扩展）→ 补充进 Ranking/VennPlot.qmd → PR #439

FigureYa112venn（Venn 图）→ 补充进 Ranking/VennPlot.qmd → PR #439

FigureYa114ternaryCluster（三元相图聚类）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd（复核修正：其"ternary"是相对正常样本分位数的 -1/0/1 三态编码热图，不是三元相图） → PR #439

FigureYa11bubble（气泡图）→ 补充进 Correlation/Bubble.qmd → PR #439

FigureYa124AssociationHeatmap（关联热图）→ 补充进 Correlation/BubbleHeatmap.qmd → PR #439

FigureYa126CorrelationHeatmap（相关热图）→ 补充进 Correlation/ComplexHeatmap.qmd（复核修正：其本质是按目标基因排序的表达热图，与 Correlogram 的成对相关矩阵不符） → PR #439

FigureYa128Prognostic（预后列线图）→ 补充进 Clinics/ROCPlot.qmd（复核修正：其核心是共识 LASSO 预后 signature 构建与 time-dependent AUC 评估，不是列线图） → PR #439

FigureYa129TCGAbox（TCGA 分组箱线图）→ 补充进 Distribution/BoxPlot.qmd → PR #439

FigureYa12box（分组箱线图+显著性）→ 补充进 Distribution/BoxPlot.qmd → PR #439

FigureYa132alteration（基因组改变景观）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd → PR #439

FigureYa135multiVolcano（多面板火山图）→ 补充进 Omics/VolcanoPlot.qmd（复核修正：其本质是单火山+顶部/右侧边缘汇总面板，MultiVolcanoPlot 是多组火山散点，不符） → PR #439

FigureYa136fgsea（fgsea 富集）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd → PR #443

FigureYa138NiceCalibration（校准曲线）→ 补充进 Clinics/CalibrationPlot.qmd → PR #443

FigureYa13GSEA_Java_update（JavaGSEA 桌面版富集）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd → PR #443

FigureYa144DiagHeatmap（诊断热图）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd → PR #443

FigureYa146TMEbox（TME 分组箱线图）→ 补充进 Distribution/BoxPlot.qmd → PR #443

FigureYa147Plus_STRING（STRING 网络美化）→ 补充进 Omics/NetworkPlot.qmd → PR #444

FigureYa147interaction（基因互作网络）→ 补充进 Omics/NetworkPlot.qmd → PR #444

FigureYa148SimpleDendrogram（简易树状图）→ 补充进 Composition/Dendrogram.qmd → PR #444

FigureYa149rankHeatmap（排名热图）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd → PR #444

FigureYa153ccgraph（细胞-细胞互作图）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd（复核修正：其"环套环"是通路-基因层级树而非弦图） → PR #444

FigureYa158MutationPattern（突变模式）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd → PR #445

FigureYa162boxViolin（箱线+小提琴组合）→ 补充进 Distribution/ViolinPlot.qmd → PR #446

FigureYa163twoVarCor_update（两变量相关）→ 补充进 Correlation/Scatter.qmd → PR #446

FigureYa164PCA3D（3D PCA）→ 补充进 Correlation/PCAplot.qmd → PR #446

FigureYa165heatmapPvalue（热图+显著性标记）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd → PR #447

FigureYa168legoplot（乐高式 oncoprint）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd → PR #447

FigureYa169sigHeatmap（显著性热图）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd → PR #447

FigureYa16fitting（WGCNA 软阈值拟合）→ 补充进 Correlation/WgcnaPlot.qmd → PR #450

FigureYa171subgroupSurv（亚组生存分析）→ 补充进 Clinics/SubgroupForestPlot.qmd → PR #448

FigureYa172ggplot2Gviz（Gviz 基因组轨道）→ 补充进 Omics/GeneStructurePlot.qmd → PR #448

FigureYa173fancybar（花式条形图）→ 补充进 Ranking/BarPlot.qmd → PR #448

FigureYa176BlandAltman（Bland-Altman 一致性）→ 补充进 Clinics/BlandAltmanPlot.qmd → PR #449

FigureYa178receptorLigand（受体-配体互作）→ 补充进 Omics/CellChatCirclePlot.qmd → PR #449

FigureYa181multiCorrelation（多变量相关）→ 补充进 Correlation/Correlogram.qmd → PR #450

FigureYa18oncoplot_update（oncoprint 突变全景）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd → PR #439

FigureYa193RiskTable（生存曲线风险表）→ 补充进 Clinics/KaplanMeierPlot.qmd → PR #450

FigureYa196PanPie（泛癌饼图）→ 补充进 Composition/PieChart.qmd → PR #450

FigureYa196Plus_PanPie（泛癌饼图 Plus）→ 补充进 Composition/PieChart.qmd → PR #450

FigureYa19Lollipop（火柴（棒棒糖）图）→ 补充进 Ranking/Lollipop.qmd → PR #451

FigureYa1survivalCurve_update（多组生存曲线+风险表）→ 补充进 Clinics/KaplanMeierPlot.qmd → PR #451

FigureYa200pairwiseAUC（两两比较 AUC）→ 补充进 Clinics/ROCPlot.qmd → PR #451

FigureYa201ClusterCorrelation（聚类-变量相关）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd → PR #451

FigureYa204PCAscore（PCA 得分图）→ 补充进 Correlation/PCAplot.qmd → PR #451

FigureYa206scHeatmap（单细胞热图）→ 补充进 Correlation/ComplexHeatmap.qmd → PR #452

FigureYa209batchEnrich（批量富集分析）→ 补充进 Omics/TextEnrichmentBarPlot.qmd → PR #452

FigureYa213customizeHeatmap（定制复杂热图）→ 补充进 Correlation/ComplexHeatmap.qmd → PR #452

FigureYa214KEGG_hierarchyV2（KEGG 层级图）→ 补充进 Omics/KeggPathwayPlot.qmd → PR #452

FigureYa216MetaREM（Meta 分析森林图（随机效应））→ 补充进 Clinics/MetaForestPlot.qmd → PR #452

FigureYa222PCAgene（基因 PCA 贡献）→ 补充进 Correlation/PCAplot.qmd

FigureYa225GiViTl（GiViTI 校准检验）→ 补充进 Clinics/CalibrationPlot.qmd

FigureYa227boxdensity（箱线+密度组合）→ 补充进 Distribution/RaincloudPlot.qmd

FigureYa244PCAPlot（PCA 绘图封装）→ 补充进 Correlation/PCAplot.qmd

FigureYa248MutLandscape（突变景观）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd

FigureYa24ROC（ROC 曲线）→ 补充进 Clinics/ROCPlot.qmd

FigureYa253panGSEA（泛癌 GSEA）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd

FigureYa254scViolin（单细胞小提琴图）→ 补充进 Distribution/ViolinPlot.qmd

FigureYa259circLink（circos 连线）→ 补充进 Proportion/ChordDiagram.qmd

FigureYa25Sankey_update（桑基图）→ 补充进 Proportion/Sankey.qmd

FigureYa266panHeatmap（泛癌热图）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd

FigureYa267scCellChat（单细胞 CellChat）→ 补充进 Omics/CellChatCirclePlot.qmd

FigureYa279panGeneGSEA（泛癌基因 GSEA）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd

FigureYa27tSNE_update（t-SNE）→ 补充进 Correlation/TSNEplot.qmd

FigureYa283vennyPvalue（Venn+p 值）→ 补充进 Ranking/VennPlot.qmd

FigureYa284pairwiseLogrank（两两 logrank 检验）→ 补充进 Clinics/KaplanMeierPlot.qmd → PR #456

FigureYa28color（图形配色方案）→ 补充进 Colors.qmd → PR #456

FigureYa290BarGraph（基础条形图）→ 补充进 Ranking/BarPlot.qmd → PR #456

FigureYa297Rbar（R 条形图）→ 补充进 Ranking/BarPlot.qmd → PR #456

FigureYa298ecdfPvalue（ECDF+p 值）→ 补充进 Distribution/ECDFPlot.qmd → PR #456

FigureYa2ggtree+pheatmap+msa（ggtree 进化树+热图+比对）→ 补充进 Omics/MultiSeqsAlignment.qmd → PR #456

FigureYa30Plus_nomogram_app（列线图 shiny 应用）→ 补充进 Clinics/Nomogram.qmd（交互式应用说明） → PR #456

FigureYa30nomogram_update（列线图）→ 补充进 Clinics/Nomogram.qmd（校准曲线） → PR #456

FigureYa310CPDBChordGramV2（CellPhoneDB 和弦图）→ 补充进 Omics/CellChatCirclePlot.qmd → PR #456

FigureYa311PAM50Heatmap（PAM50 热图）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd → PR #456

FigureYa313CircularPlot（环形连线图）→ 补充进 Proportion/ChordDiagram.qmd → PR #456

FigureYa318GenesetDEDotplot（基因集 DE 点图）→ 补充进 Omics/TextEnrichmentBarPlot.qmd → PR #456

FigureYa321volcanoSE（火山图+标准误）→ 补充进 Omics/VolcanoPlot.qmd → PR #456

FigureYa33DCA_update（决策曲线 DCA）→ 补充进 Clinics/DCAPlot.qmd → PR #456

FigureYa35batch_bestSeparationV3_update（批量最佳截断值）→ 补充进 Clinics/KaplanMeierPlot.qmd → PR #456

FigureYa37correlationV2_update（相关分析）→ 补充进 Correlation/Correlogram.qmd → PR #456

FigureYa38PCA（PCA）→ 补充进 Correlation/PCAplot.qmd → PR #456

FigureYa39bar（条形图）→ 补充进 Ranking/BarPlot.qmd → PR #456

FigureYa3genomeView（基因组视图）→ 补充进 Omics/ChromosomePlot.qmd → PR #456

FigureYa42oncoprintV2_update（oncoprint V2）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd → PR #456

FigureYa43ManhattanV2（曼哈顿图）→ 补充进 Omics/ManhattanPlot.qmd → PR #456

FigureYa44profile（剖面图）→ 补充进 Ranking/Parallel.qmd → PR #456

FigureYa47HRtable（HR 结果表）→ 补充进 Clinics/RegressionTable.qmd → PR #456

FigureYa4bestSeparation（最佳截断值）→ 补充进 Clinics/KaplanMeierPlot.qmd → PR #456

FigureYa52GOplot（GOplot 富集可视化）→ 补充进 Omics/TextEnrichmentBarPlot.qmd → PR #456

FigureYa53PPImodule（PPI 模块分析）→ 补充进 Omics/NetworkPlot.qmd

FigureYa55panCancer_violinV2（泛癌小提琴图）→ 补充进 Distribution/ViolinPlot.qmd → PR #456

FigureYa55plus_pancancer_boxplot（泛癌箱线图）→ 补充进 Distribution/BoxPlot.qmd → PR #456

FigureYa57profile_1bw（剖面图（1bw））→ 补充进 Ranking/Parallel.qmd → PR #456

FigureYa59Plus_volcano_shiny（交互式火山图 shiny）→ 补充进 Omics/iVolcanoPlot.qmd（Shiny 应用说明） → PR #456

FigureYa59volcanoV2（火山图 V2）→ 补充进 Omics/VolcanoPlot.qmd → PR #456

FigureYa5bubbles（气泡图）→ 补充进 Correlation/Bubble.qmd → PR #456

FigureYa60GSEA_clusterProfilerV2（clusterProfiler GSEA）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd → PR #456

FigureYa62twoAxis（双 Y 轴图）→ 补充进 DataOverTime/LineChart.qmd → PR #456

FigureYa64triangle（三角图）→ 补充进 Correlation/TernaryPlot.qmd → PR #456

FigureYa66UnivariateCox（单因素 Cox）→ 补充进 Clinics/RegressionTable.qmd → PR #456

FigureYa68friendsV2（基因伙伴网络）→ 补充进 Omics/NetworkPlot.qmd

FigureYa6rHRsV2（亚组 HR 森林图）→ 补充进 Clinics/SubgroupForestPlot.qmd

FigureYa70mutationEvents（突变事件）→ 补充进 Omics/MutationOncoplot.qmd

FigureYa71ssGSEA_update（ssGSEA）→ 补充进 Omics/GseaPlot.qmd

FigureYa73batchCorrelation（批次相关）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd

FigureYa75bubble_volcano（气泡火山图）→ 补充进 Omics/VolcanoPlot.qmd

FigureYa76corrgram（corrgram）→ 补充进 Correlation/Correlogram.qmd

FigureYa80GOclustering（GO 聚类）→ 补充进 Omics/TextEnrichmentBarPlot.qmd

FigureYa81immune_network（免疫网络）→ 补充进 Omics/NetworkPlot.qmd

FigureYa83enrichment（富集分析）→ 补充进 Omics/TextEnrichmentBarPlot.qmd

FigureYa85timeROC（timeROC 时间依赖 ROC）→ 补充进 Clinics/ROCPlot.qmd

FigureYa86SNPmotif（SNP motif）→ 补充进 Omics/MotifPlot.qmd

FigureYa8radar（雷达图）→ 补充进 Ranking/Radar.qmd

FigureYa90subgroup（亚组分析）→ 补充进 Clinics/SubgroupForestPlot.qmd

FigureYa91cluster_heatmap（聚类热图）→ 补充进 Correlation/ComplexHeatmap.qmd

FigureYa93UMAP（UMAP）→ 补充进 Correlation/UMAPplot.qmd

FigureYa95pairwise（配对比较图）→ 补充进 Distribution/PairedPlot.qmd

FigureYa97correlationV3（相关分析 V3）→ 补充进 Correlation/Correlogram.qmd

FigureYa9heatmap（热图）→ 补充进 Correlation/Heatmap.qmd

✨ 二、新增独立 qmd

FigureYa103coAbundant（WGCNA 共丰度网络与相关）→ 新增 Omics/CoAbundanceNetwork.qmd

FigureYa105GDSC（GDSC 药敏预测 IC50）→ 新增 Clinics/DrugSensitivityPlot.qmd

FigureYa106immunotherapy（TIDE/SubMap 免疫治疗响应）→ 新增 Clinics/ImmunotherapyPlot.qmd

FigureYa110mutationSignature（突变特征 signature）→ 新增 Omics/MutationSignaturePlot.qmd

FigureYa113MutSigCV（MutSigCV 显著突变基因）→ 新增 Omics/MutSigCvPlot.qmd

FigureYa116supervisedCluster（监督聚类）→ 新增 Correlation/SupervisedClusterPlot.qmd

FigureYa121MethCGIcluster（甲基化 CpG 岛聚类）→ 新增 Omics/MethCgiClusterPlot.qmd

FigureYa123mutVSexpr（突变 vs 表达）→ 新增 Omics/MutVsExprPlot.qmd

FigureYa127HeatmapPie（热图+饼图组合）→ 新增 Composition/HeatmapPieChart.qmd

FigureYa131CMap_update（CMap 连接性分析）→ 新增 Clinics/CmapPlot.qmd

FigureYa133m6Apeak_update（m6A 峰可视化）→ 新增 Omics/M6aPeakPlot.qmd

FigureYa139TMB_titv（TMB 与 Ti/Tv）→ 新增 Omics/TmbTitvPlot.qmd

FigureYa140mosaicpie（mosaic+pie 组合图）→ 新增 Composition/MosaicPieChart.qmd

FigureYa141risk（风险评分生存图）→ 新增 Clinics/RiskScorePlot.qmd

FigureYa142circosBar（circos 条形图）→ 新增 Omics/CircosBarPlot.qmd

FigureYa143survCor_update（表达-生存时间相关）→ 新增 Clinics/SurvCorPlot.qmd

FigureYa14circos（circos 环形图）→ 新增 Omics/CircosPlot.qmd

FigureYa150diversityScore（多样性评分）→ 新增 Distribution/DiversityScorePlot.qmd

FigureYa151pathifier（Pathifier 通路失调控）→ 新增 Omics/PathifierPlot.qmd

FigureYa152DouleCorPlot（双重相关图）→ 新增 Correlation/DoubleCorPlot.qmd

FigureYa154immuneSubtypes（免疫亚型）→ 新增 Omics/ImmuneSubtypePlot.qmd → PR #445

FigureYa155ATAC（ATAC-seq 可视化）→ 新增 Omics/AtacSeqPlot.qmd → PR #445

FigureYa157ChIPpvalue（ChIP-seq p 值）→ 新增 Omics/ChipPvaluePlot.qmd → PR #445

FigureYa15WGCNA（WGCNA 网络）→ 新增 Correlation/WgcnaPlot.qmd

FigureYa160scGSVA（单细胞 GSVA）→ 新增 Omics/ScGsvaPlot.qmd → PR #446

FigureYa161stemness（肿瘤干性评分）→ 新增 Omics/StemnessPlot.qmd → PR #446

FigureYa166scCNV（单细胞 CNV）→ 新增 Omics/ScCnvPlot.qmd → PR #447

FigureYa167TumorIndex（肿瘤指数）→ 新增 Clinics/TumorIndexPlot.qmd → PR #447

FigureYa170ImmuLncRNA（免疫相关 lncRNA）→ 新增 Omics/ImmuneLncrnaPlot.qmd → PR #448

FigureYa175quadrant（四象限图）→ 新增 Correlation/QuadrantPlot.qmd

FigureYa177RNAvelocity（RNA velocity 轨迹）→ 新增 Omics/RnaVelocityPlot.qmd

FigureYa17WGCNA_heatmap（WGCNA 模块热图）→ 新增 Correlation/WgcnaPlot.qmd

FigureYa180FGAplotV2（基因组片段扩增/缺失）→ 新增 Omics/FgaPlot.qmd

FigureYa182RFSurvV2（随机森林生存）→ 新增 Clinics/RfSurvivalPlot.qmd

FigureYa183condSurv（条件生存）→ 新增 Clinics/ConditionalSurvPlot.qmd

FigureYa185sciATAC（单细胞 ATAC）→ 新增 Omics/SciAtacPlot.qmd

FigureYa186swimmerplot（泳道图）→ 新增 Clinics/SwimmerPlot.qmd

FigureYa187RMS（RMST 限制性平均生存）→ 新增 Clinics/RmstPlot.qmd

FigureYa188CNVload（CNV 负载）→ 新增 Omics/CnvLoadPlot.qmd

FigureYa189timeCindex（时间依赖 C-index）→ 新增 Clinics/TimeCindexPlot.qmd

FigureYa192breakpoint（拷贝数断点）→ 新增 Omics/BreakpointPlot.qmd

FigureYa194pySCENIC（pySCENIC 调控网络）→ 新增 Omics/ScenicPlot.qmd

FigureYa195PanPaire（泛癌配对图）→ 新增 Distribution/PancanPairedPlot.qmd

FigureYa197SmoothHaz（平滑风险函数）→ 新增 Clinics/SmoothHazardPlot.qmd

FigureYa198SignatureCombinationV2（多 signature 组合）→ 新增 Clinics/SignatureCombinationPlot.qmd

FigureYa199crosslink（crosslink 交叉连线图）→ 新增 Proportion/CrossLinkPlot.qmd

FigureYa202consensusGene（consensus 一致性聚类）→ 新增 Correlation/ConsensusClusterPlot.qmd

FigureYa205immunophenoscore_update（免疫表型评分）→ 新增 Omics/ImmunophenoscorePlot.qmd

FigureYa20mortality（年龄-时期-队列死亡率）→ 新增 Clinics/MortalityApcPlot.qmd

FigureYa210survivalScape（生存景观）→ 新增 Clinics/SurvivalScapePlot.qmd

FigureYa211multiCohortImmSubtype（多队列免疫亚型）→ 新增 Omics/MultiCohortImmSubtypePlot.qmd

FigureYa212drugTargetV2（药物靶点网络）→ 新增 Clinics/DrugTargetPlot.qmd

FigureYa215DNAage（DNA 甲基化年龄）→ 新增 Omics/DnaAgePlot.qmd

FigureYa219GMM（GMM 高斯混合聚类）→ 新增 Distribution/GmmClusterPlot.qmd

FigureYa223scNMF（单细胞 NMF）→ 新增 Omics/ScNmfPlot.qmd

FigureYa224scMarker（单细胞 marker 识别）→ 新增 Omics/ScMarkerPlot.qmd

FigureYa228linkCor（连线相关图）→ 新增 Correlation/LinkCorPlot.qmd

FigureYa229PCOA（PCoA 主坐标）→ 新增 Correlation/PcoaPlot.qmd

FigureYa230immunelandscape（免疫景观）→ 新增 Omics/ImmuneLandscapePlot.qmd

FigureYa231scScore（单细胞评分）→ 新增 Omics/ScScorePlot.qmd

FigureYa232scRankHeatmap（单细胞排序热图）→ 新增 Omics/ScRankHeatmap.qmd

FigureYa233genepair（基因对分析）→ 新增 Omics/GenePairPlot.qmd

FigureYa234panImmune（泛癌免疫）→ 新增 Omics/PancanImmunePlot.qmd

FigureYa235scDEG（单细胞差异表达）→ 新增 Omics/ScDegPlot.qmd

FigureYa236circGroup（circos 分组）→ 新增 Omics/CircosGroupPlot.qmd

FigureYa237circVenn（circos Venn）→ 新增 Proportion/CircosVennPlot.qmd

FigureYa239ST_PDAC（空间转录组）→ 新增 Omics/SpatialPlot.qmd

FigureYa240CRISPR（CRISPR 筛选）→ 新增 Omics/CrisprScreenPlot.qmd

FigureYa242corMethExpr（甲基化-表达相关）→ 新增 Omics/MethExprCorPlot.qmd

FigureYa243scMarkerGroupHeatmap（单细胞 marker 分组热图）→ 新增 Omics/ScMarkerHeatmap.qmd

FigureYa245Plus_VarDecompose（方差分解）→ 新增 Correlation/VarDecomposePlot.qmd

FigureYa245VarDecompose_update（方差分解（更新版））→ 新增 Correlation/VarDecomposePlot.qmd

FigureYa246supervisedGDSC（监督药敏预测）→ 新增 Clinics/SupervisedDrugSensitivityPlot.qmd

FigureYa247oncoPredict（oncoPredict 药敏）→ 新增 Clinics/OncoPredictPlot.qmd

FigureYa249Regulon（调控子 regulon）→ 新增 Omics/RegulonPlot.qmd

FigureYa250ImmGenePair（免疫基因对）→ 新增 Omics/ImmGenePairPlot.qmd

FigureYa251NPHSurv（非比例风险生存）→ 新增 Clinics/NphSurvPlot.qmd

FigureYa252mclust（mclust 模型聚类）→ 新增 Distribution/MclustPlot.qmd

FigureYa255TIME（肿瘤免疫微环境 TIME）→ 新增 Omics/TimeOverviewPlot.qmd

FigureYa257armCNV（染色体臂 CNV）→ 新增 Omics/ArmCnvPlot.qmd

FigureYa258SNF（相似网络融合聚类）→ 新增 Correlation/SnfClusterPlot.qmd

FigureYa260CNV（CNV 剖面）→ 新增 Omics/CnvProfilePlot.qmd

FigureYa261circGene（circos 基因）→ 新增 Omics/CircosGenePlot.qmd

FigureYa263panDiff（泛癌差异分析）→ 新增 Omics/PancanDiffPlot.qmd

FigureYa264epiImmune（上皮-免疫互作）→ 新增 Omics/EpiImmunePlot.qmd

FigureYa265panCNV（泛癌 CNV）→ 新增 Omics/PancanCnvPlot.qmd

FigureYa268panCNVexpr（泛癌 CNV-表达）→ 新增 Omics/PancanCnvExprPlot.qmd

FigureYa269scMetabolism（单细胞代谢）→ 新增 Omics/ScMetabolismPlot.qmd

FigureYa26circos_R（circos（R 实现））→ 新增 Omics/CircosPlot.qmd

FigureYa270panMeth（泛癌甲基化）→ 新增 Omics/PancanMethPlot.qmd

FigureYa271panMethExpr（泛癌甲基化-表达）→ 新增 Omics/PancanMethExprPlot.qmd

FigureYa272scBulkCCCI（单细胞-bulk CCI）→ 新增 Omics/ScBulkCcciPlot.qmd

FigureYa273BAPC（贝叶斯年龄-时期-队列）→ 新增 Clinics/BapcPlot.qmd

FigureYa274MuSiCbulkProop（MuSiC 反卷积）→ 新增 Omics/MusicDeconvPlot.qmd

FigureYa275scAUCell（AUCell 评分）→ 新增 Omics/ScAucellPlot.qmd

FigureYa276panSNV（泛癌 SNV）→ 新增 Omics/PancanSnvPlot.qmd

FigureYa277Immunomodulator（免疫调节剂）→ 新增 Omics/ImmunomodulatorPlot.qmd

FigureYa278heatmapPoints（热图+点组合）→ 新增 Correlation/HeatmapPointsPlot.qmd

FigureYa280TMEofSTS（软组织肉瘤 TME）→ 新增 Omics/TmeStsPlot.qmd

FigureYa281wheel（轮盘图）→ 新增 Composition/WheelChart.qmd

FigureYa282CMAP_XSum（CMAP（与 131CMap 归并））→ 新增 Clinics/CmapPlot.qmd

FigureYa285scRNA_monocle（monocle 拟时序）→ 新增 Omics/MonoclePlot.qmd

FigureYa286ExprCorORR（表达-ORR 相关）→ 新增 Clinics/ExprCorOrrPlot.qmd

FigureYa288MutualExclusivity（突变互斥/共现）→ 新增 Omics/MutualExclusivityPlot.qmd

FigureYa289TILSig（TIL signature）→ 新增 Omics/TilSignaturePlot.qmd

FigureYa291PancanProgSigatureV2（泛癌预后 signature）→ 新增 Clinics/PancanProgSignaturePlot.qmd

FigureYa292HCCsubtype（HCC 亚型）→ 新增 Omics/HccSubtypePlot.qmd

FigureYa294HCCdrug（HCC 药物分析）→ 新增 Clinics/HccDrugPlot.qmd

FigureYa295ClassDiscovery（类发现（class discovery））→ 新增 Correlation/ClassDiscoveryPlot.qmd

FigureYa296VIPER（VIPER 调控分析）→ 新增 Omics/ViperPlot.qmd

FigureYa299pancanSurv（泛癌生存）→ 新增 Clinics/PancanSurvPlot.qmd

FigureYa300pancanCor（泛癌相关）→ 新增 Correlation/PancanCorPlot.qmd

FigureYa301scCoExpr（单细胞共表达）→ 新增 Omics/ScCoexprPlot.qmd

FigureYa302NTPPAM（NTP/PAM 分类）→ 新增 Omics/NtpPamClassifyPlot.qmd

FigureYa303panCircos（泛癌 circos）→ 新增 Omics/PancanCircosPlot.qmd

FigureYa304MAGIC（MAGIC 插补）→ 新增 Omics/MagicPlot.qmd

FigureYa305PMAPscore（PMAPscore 免疫预后）→ 新增 Clinics/PmapScorePlot.qmd

FigureYa306slingshot（slingshot 轨迹）→ 新增 Omics/SlingshotPlot.qmd

FigureYa307CNVHeatmap（CNV 热图）→ 新增 Omics/CnvHeatmap.qmd

FigureYa312CellPreference（细胞偏好）→ 新增 Omics/CellPreferencePlot.qmd

FigureYa314SingleRScore（SingleR 评分）→ 新增 Omics/SinglerScorePlot.qmd

FigureYa315SingleRFraction（SingleR 细胞比例）→ 新增 Omics/SinglerFractionPlot.qmd

FigureYa317RoeDot（Roe 卡方残差点图）→ 新增 Correlation/RoeDotPlot.qmd

FigureYa319ContribScore（贡献评分）→ 新增 Omics/ContribScorePlot.qmd

FigureYa320ClontypeHeatmap（克隆型热图）→ 新增 Omics/ClontypeHeatmap.qmd

FigureYa322SSEA（SSEA 样本集富集）→ 新增 Omics/SseaPlot.qmd

FigureYa323STpathseq（空间转录组病理测序）→ 新增 Omics/StPathseqPlot.qmd

FigureYa36nSurvV3（生存样本量估算）→ 新增 Clinics/NSurvPlot.qmd

FigureYa40lineage（谱系追踪）→ 新增 Omics/LineagePlot.qmd

FigureYa48Adonis（Adonis/PERMANOVA）→ 新增 Distribution/AdonisPlot.qmd

FigureYa51TMB_update（TMB 生存分析）→ 新增 Clinics/TmbSurvPlot.qmd

FigureYa56immune_inflitrationV3（免疫浸润）→ 新增 Omics/ImmuneInfiltrationPlot.qmd

FigureYa61GSVA（GSVA 评分）→ 新增 Omics/GsvaHeatmap.qmd

FigureYa63pubmedMiningV2（PubMed 文献挖掘）→ 新增 Omics/PubmedMiningPlot.qmd

FigureYa67phastCons（phastCons 保守性）→ 新增 Omics/PhastConsPlot.qmd

FigureYa69cancerSubtype（癌症亚型）→ 新增 Omics/CancerSubtypePlot.qmd

FigureYa72biomarker（biomarker 筛选）→ 新增 Clinics/BiomarkerPlot.qmd

FigureYa74OmicCircos（OmicCircos）→ 新增 Omics/OmicCircosPlot.qmd

FigureYa77baseZoom（坐标轴局部放大）→ 新增 Skills/AxisZoomPlot.qmd

FigureYa78gganatogram（解剖图）→ 新增 Omics/AnatomyPlot.qmd

FigureYa79CNV（CNV）→ 新增 Omics/CnvPlot.qmd

FigureYa7PSM（倾向得分匹配）→ 新增 Clinics/PsmPlot.qmd

FigureYa82IGVzoom（IGV 风格浏览）→ 新增 Omics/IgvStylePlot.qmd

FigureYa84roast（roast 基因集检验）→ 新增 Omics/RoastPlot.qmd

FigureYa87fish（fishplot 克隆演化）→ 新增 DataOverTime/FishPlot.qmd

FigureYa88DAVIDkappa（DAVID kappa 一致性）→ 新增 Omics/DavidKappaPlot.qmd

FigureYa89ggplotCirco（ggplot 环形图）→ 新增 Omics/GgplotCircosPlot.qmd

FigureYa92immune_gene_update（免疫基因）→ 新增 Omics/ImmuneGenePlot.qmd

FigureYa94STEMbox_update（STEM 趋势箱线）→ 新增 DataOverTime/StemBoxPlot.qmd

FigureYa96R2（R2 平台数据取图）→ 新增 Clinics/R2Plot.qmd

FigureYa98STEMheatmapV2（STEM 趋势热图）→ 新增 DataOverTime/StemHeatmap.qmd

FigureYa99smoothHRv2（平滑 HR 曲线）→ 新增 Clinics/SmoothHrPlot.qmd

⏸️ 三、暂缓（非绘图类）

FigureYa000ContributionTemplate（贡献模板（非图））→ 暂缓

FigureYa117multilinearDE（多变量线性差异分析）→ 暂缓

FigureYa118MulticlassDESeq2（多分类 DESeq2 差异分析）→ 暂缓

FigureYa119Multiclasslimma（多分类 limma 差异分析）→ 暂缓

FigureYa120MulticlassedgeR（多分类 edgeR 差异分析）→ 暂缓

FigureYa122mut2expr（突变→表达数据处理）→ 暂缓

FigureYa125FishertestV2（Fisher 检验表格）→ 暂缓

FigureYa190batchLogistic（批量 logistic 回归）→ 暂缓

FigureYa191bestLogistic（最优 logistic 模型筛选）→ 暂缓

FigureYa203ComBat（ComBat 批次校正）→ 暂缓

FigureYa207Randomization（随机分组）→ 暂缓

FigureYa218Elasticnet（elastic net 特征选择）→ 暂缓

FigureYa21TCGA2table（TCGA 数据整理）→ 暂缓

FigureYa220repeatedLasso（重复 lasso 稳定性）→ 暂缓

FigureYa221tenFoldRF（十折交叉验证 RF）→ 暂缓

FigureYa22FPKM2TPM（FPKM→TPM 转换）→ 暂缓

FigureYa23count2TPM（count→TPM 转换）→ 暂缓

FigureYa262GDC（GDC 数据下载）→ 暂缓

FigureYa287L2logV2（L2 logistic）→ 暂缓

FigureYa293Plus_BinaryClassificationML（二分类机器学习）→ 暂缓

FigureYa293machineLearning（10 种机器学习模型）→ 暂缓

FigureYa316RF_XGBoost_Boruta（RF/XGBoost/Boruta）→ 暂缓

FigureYa31lasso_update（lasso 回归）→ 暂缓

FigureYa32ID_table（基因 ID 映射）→ 暂缓

FigureYa34count2FPKMv2（count→FPKM 转换）→ 暂缓

FigureYa41GEO2lncRNA_update（GEO→lncRNA 分析）→ 暂缓

FigureYa58lncRNAreannotation（lncRNA 重注释）→ 暂缓

FigureYa59Plus_GEO2DEG（GEO→DEG 流程）→ 暂缓

FigureYa65SVM（SVM 分类）→ 暂缓

❓ 四、需调研

FigureYa115cofactor（cofactor 共因子分析）→ 需调研

FigureYa145target（target（主题待确认））→ 需调研

FigureYa156enrichSimulation（富集模拟）✨ 调研后改判：蒙特卡洛经验 p 直方图 → 补充进 Distribution/Histogram.qmd → PR #445

FigureYa159LR_RF_V2（Logistic/RF 建模）→ 需调研

FigureYa174squareCross（方块十字图）⏸️ 调研后改判暂缓：crosslink 包仅 GitHub 且不在 renv.lock → PR #448

FigureYa179AMDAplot（AMDA 图）⏸️ 调研后改判暂缓：源 Rmd 文件为空，无法整合 → PR #449

FigureYa184ranger（ranger 随机森林）→ 需调研

FigureYa208FPI（FPI（主题待确认））→ 需调研

FigureYa217RMR（RMR（主题待确认））→ 需调研

FigureYa238corRiskMut（相关-风险-突变（主题待确认））→ 需调研

FigureYa241scRNA_NMI（NMI 聚类评估）→ 需调研

FigureYa256panelLink（面板连线（主题待确认））→ 需调研

FigureYa308IHS（IHS（主题待确认））→ 需调研

FigureYa45V2（FigureYa45V2（主题待确认））→ 需调研

五、FigureYapy（Python 版，9 篇）

Python 版 FigureYapy 与 R 版编号零重叠，逐篇标记如下：

🔁 补充进现有 qmd

✨ 新增独立 qmd（括号内为建议的目录/文件名）

⏸️ 暂缓（分析流程类，非绘图）

FigureYa111markerGene（scanpy marker 基因可视化）→ 补充进 Python/ScrnaDotPlot.qmd

FigureYa196Plus_PanPie_py（泛癌饼图 Python 版）→ 补充进 Python/PieDonutPlot.qmd

FigureYa25Plus_Sankey_py（桑基图 Python 版）→ 补充进 Python/SankeyDiagram.qmd

FigureYa107ChIPheatmap（deepTools ChIP/ATAC 聚合热图）→ 新增 Python/ChIPHeatmapPlot.qmd

FigureYa108RNAseqChIP（按表达聚类排序的启动子 ChIP 信号热图，与 107 同族归并）→ 新增 Python/ChIPHeatmapPlot.qmd

FigureYa104GEOmining（GEO 数据挖掘流程）→ 暂缓

FigureYa130coxSVM（Cox+SVM 分步建模流程）→ 暂缓

FigureYa226scRNA_cNMF（单细胞 cNMF 分析流程）→ 暂缓

FigureYa309cell2location（cell2location 空转反卷积流程）→ 暂缓

维护说明：完成后请勾选对应项，并在项末尾追加对应的 Bizard PR 链接（如 → 补充进 ... (#PR号)）。同一目标 qmd 有多篇参考的，可合并到同一个 PR 处理。需调研 篇目调研后请更新其分类并移入对应小节。
ShixiangWang
added 3 commits that reference this issue on Nov 5, 2026
chore(gallery): sync gallery CSVs for the 4 new FigureYa integration …
dbb5454
docs(tutorials): integrate FigureYa optimization references batch 2 (…
456a217
Integrate FigureYa optimization references into existing qmds (issue #…
ba21410

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FigureYa integration #436

FigureYa 图文档整合待办清单（逐篇标记整合方式）

🔁 一、补充进现有 qmd（优化参考）

✨ 二、新增独立 qmd

⏸️ 三、暂缓（非绘图类）

❓ 四、需调研

五、FigureYapy（Python 版，9 篇）

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FigureYa integration #436

Description

Activity

ShixiangWang commented on Nov 4, 2026

FigureYa 图文档整合待办清单（逐篇标记整合方式）

🔁 一、补充进现有 qmd（优化参考）

✨ 二、新增独立 qmd

⏸️ 三、暂缓（非绘图类）

❓ 四、需调研

五、FigureYapy（Python 版，9 篇）

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