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[Enhancement] Code review by Exceret #2
Description
破坏性升级
- 引入air作为代码格式化工具
- 考虑弃用
run_seurat_pipeline函数，或者移动到vignettes里。单细胞处理流程相当复杂，依据数据特点有不同的处理流程，不应当默认内置，应当让用户自已完成。 - 考虑data.table后端
- 考虑cli信息输出
- DepMap考虑qs2包读写
代码检查器
- 引入Jarl作为lintr
小升级
- 把rlang作为代码检查和语法的基准
- 把perception_depmap_drugs移动到包data，或者导出给用户查看
- DepMap应当放在
tools::R_user_dir("PERCEPTIONx","cache")而不是当前工作路径
新功能和实现
- 引入新的suggets包，额外的依赖但是更快的速度
- 包加载的问候语
- 为类实现print、format等s3方法分派
我会新开一个pr，完成这些内容并打钩。如果不考虑引入上述某些内容，欢迎在此留下评论
Activity
SunPast commentedon Nov 4, 2026
@Exceret
谢谢师兄详尽的建议！
我觉得都是完全可以落实的。尤其是run_seurat_pipeline这一条，因为我自己其实没有做过很多复杂单细胞转录组的分析流程，做包的时候没考虑到预处理这一步，这里是直接把原算法仓库的附加示例代码搬过来用的（原文的几个案例倒也确实没用这一段来聚类，clone标签都是预先定好的）。现在再看这函数确实很不靠谱，连常规质控都没有😂目前确实是得先移动到vignettes。至于后续，我想看看能否可以专门再提供一个可供预处理的模块，把所有可选的参数都暴露给用户自己调？师兄你看这种思路可行吗，若可以我后面自己改进试试。
其余的功能提升也都很有价值，包括drugs清单，我之前也没想到什么更好的方法放在包里。
如果师兄方便提pr，真是求之不得，有什么需要我来配合的还请尽管说。再次感谢师兄🙏